Село основано в 1910 г. на месте стойбища манегров – тунгусов - языческого племени, давшему название ключам и речкам, впадающим в р. Зею: Чукан, Джуркан, Ту и т.д. С 1910 г. правительство стало энергично переселять безземельную бедноту из центральных губерний. Так в 1910 г. появились первые переселенцы Куклин Г. В., Нетунаевы Иван и Федор, Мищенко, потомки  которых до сих пор проживают в селе. Раннее название села – Михайловское. С 1912 г. – Чагоян, в переводе с монгольского: «Цаган» - белый. Действительно в районе с. Чагоян три крупных месторождения известняков, одно из них было открыто на левом берегу  р. Зеи в 1984 г. ныне разрабатываемое. В 1909 году заселяя этот край, царское правительство, конечно же, предполагало разработку этих месторождений известняков.

Поселенцы селились на левом берегу р. Зеи. Более пологом, более удобном для хлебопашества и животноводства, кроме этого занимались охотой, рыбной ловлей, добычей золота, обжигом извести. До революции в селе располагался участок Верхнее-Амурской компании золотодобытчиков. Компания обеспечивала торговое обслуживание

1923 г. – образован Чагоянский Сельский совет на территории сельсовета были села: Чагоян, Сивагли, Дымо, Буколь.

1931 г. – создан колхоз из 40 семей, в 1941 преобразован в промартель им. Мухина, Свободненского промхоза. В 1958 г. промартель ликвидирована.

1954 г. – началась разработка месторождения известняков на правом берегу р Зея. Открыт Чагоянский карьер, центр села постепенно перемещался на  правый берег.

1962 г. – открывается новая восьмилетняя школа.

1972 г. – открывается средняя школа.

1972 г. – в новый поселок перемещается сельский совет, почтовое отделение. К 1975 году основная масса населения левого берега переезжает в село на правом берегу. В настоящее время в старом селе проживает 32 чел.

1980-1989 гг. начинается строительство завода по выпуску известняковой муки, расширяется ранее действующее производство, интенсивно строится жилье, открываются новые магазины СДК и другие объекты соцкультбыта.

Постепенно, после замораживания строительства, резкого уменьшения финансирования программы известкования почв происходит сокращение, а затем и полная остановка производства, вместо государственных магазинов появляются частные, резко возросла безработица, все больше жителей занимается частным промыслом, работает по временным договорам.